NGS家的五個熊孩子--系列一
2019.07.23

相信看到這個标題,大家一定猜到了,我們今天要聊的話題就是NGS測序基因組水平上的各種檢測方案NGS家裡有一個懂測序的技術型宅男老爸,還有一個心思缜密能解讀數據的偵探老媽,兩個人非常幸福,因為他們家有五個特别優秀的孩子。别人家的孩子都是按出生年份排序,他們家是按照體重—“檢測範圍”來排的小編今天先帶大家認識一下NGS家熊孩子之大娃、小二和三妹~

大娃:全基因組測序

(Whole Genome Sequencing,WGS)[1]

小二:全外顯子組測序

(Whole Exome Sequencing,WES)

三妹:疾病類相關基因檢測(Panel)

四弟:拷貝數變異測序

(Copy Number Variations Sequencing,CNVseq)

小妹:線粒體DNA檢測

(mitochondrion DNA Sequencing,mtDNA)

大 娃

大娃最厲害,他的本領最大(檢測範圍最全),是一種對整個基因組進行檢測不需要捕獲的方案。所以弟弟妹妹們能幹的事他都能幹,既能像小二、三妹那樣檢測到單個核苷酸的變異,又能像四弟一樣檢測到結構變異(含拷貝數變異),就連小妹獨有的線粒體DNA的檢測技能也完全Get到。

大娃雖然很優秀,但大娃也有大娃的苦惱,就是感覺家裡沒人能理解他,大家很難“讀”懂他!大娃經常會有一些好的觀點和發現,想跟人分享,但弟弟妹妹常因為沒見過或不知道(“沒有大樣本罕見變異參考”或“沒有緻病性變異的參考”)而根本沒有辦法理解他的想法。大娃跟小二說過“内含子”也是家庭成員之一,小二隻是笑笑不說話,但心裡想:是咱家孩子咋不見爸媽領回來?所以長期以來大娃就形成了特别沉穩的性格,就像一本博學的書,期望别人能讀懂他的時候才會和别人敞開心扉。

在大娃心裡還有一點苦惱,因為自己體重大、胃口好,吃得多,所以是家裡花銷最大的。身為老大不能替爸媽分擔還花錢最多,多少有點愧疚,所以老大最大的願望除了希望别人能讀懂他,剩下的願望就是希望他愛吃的東西快點降價,爸爸媽媽少花點錢。

小 二

和沉穩的大娃相比,小二是家裡最狂浪,最活躍的。他也是家裡爸爸媽媽最喜歡的一個孩子。小二特别活潑愛表現,小二雖不及哥哥能檢測整個基因組,但是小二能檢測到人類已知20000+基因的編碼區序列(全部外顯子),雖然隻有哥哥大概1-2%的本領,但卻能表現出85%的特長(基因變異),典型的孔雀型小孩,給他點陽光就能立馬燦爛起來。

小二又是最貼心的,才會受到爸爸媽媽的寵愛。他特别善于和爸爸媽媽溝通,知道爸爸喜歡搞科研,就給爸爸找來工具和說明書(芯片和數據質控要求),讓爸爸給自己做高智商新版樂高玩具,既滿足爸爸的創造欲,又提升自己的思考能力。知道媽媽偵查能力強,就跟媽媽聊讀心術,提高媽媽的偵破能力,讓媽媽能夠在每一次小二有搞破壞的行為(緻病變異)或即将搞破壞的行為(可能緻病變異)時都被媽媽發現,大大地滿足了媽媽的偵探欲,這樣孝順的孩子家長哪能不喜歡呢!

小二和四弟關系最好,總在一起玩,有時候小二就拉着弟弟(WES+CNVseq)一起玩拼圖的遊戲,因為他倆各有特長,小二擅長以點突破(單個核苷酸變異,SNVs),老四擅長從構圖上突破(拷貝數變異,CNVs),但他倆要是哪個地方搭錯了萬能的媽媽每次都能一眼看出來。

三 妹

三妹是家裡的美妖精,最喜歡捯饬自己,今天畫個煙熏妝,明天來個桃花妝,後天再來個大眼妝……這就是大名鼎鼎的Panel,采用目标序列捕獲技術,針對某一疾病類的相關基因打包進行檢測。大家對疾病是熟悉的,因此更容易被認可和關注,所以三妹在NGS家族裡最耀眼!

但三妹也是一個馬大哈,有時候出門會忘東忘西,或者有時候因為不知道這個東西可能有用就完全不帶着了。這就是Panel檢測的局限性,會存在打包不全而漏診,如果疾病緻病基因不在Panel裡則不會被檢測到,有時随着疾病的新的緻病基因被發現,或對非典型表現的認識程度加深,有些Panel可能會因為基因不全而應用受限,這就需要再重新設計Panel。


參考文獻:

1. 全基因組測序在遺傳病檢測中的臨床應用專家共識。中華兒科雜志2019年6月第57卷第6期。

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